در روشهاي سنتي و دستي بايگاني اسناد امكان دستكاري، از بين رفتن، صدمه ديدن و حتي مخدوش شدن وجود دارد درحاليكه با الكترونيكي شدن اسناد و گردش اين اسناد به صورت الكترونيك احتمال اين امر بسيار كم است. يكي از مشكلات سيستم بايگاني دستي اسناد، نحوه كنترل دسترسي به آنهاست كه محدود به ساختار فيزيكي بايگاني است. محدود کردن سطح دسترسی کاربران به اطلاعات از ویژگیهای دیگر سیستم بایگانی سپانو می باشد. با بكارگيري سيستم بايگاني سپانو امكان تنظيم دسترسي حتي تا جزئي ترين ساختارهاي بايگاني امكان پذير است. از دیگر موارد امنیت این سیستم می توان به لاگ کردن کلیه رویدادهای سیستم، از ورود کاربر گرفته تا تغییرات و حذف اسناد در سیستم توسط هر کاربر، اشاره نمود که این خود امکان کنترل و نظارت مستمر و غیر محسوس بر عملکرد کارکنان و توسعه شایسته سالاری را فراهم می سازد.