در روشهای سنتی و دستی بایگانی اسناد امکان دستکاری، از بین رفتن، صدمه دیدن و حتی مخدوش شدن وجود دارد درحالیکه با الکترونیکی شدن اسناد و گردش این اسناد به صورت الکترونیک احتمال این امر بسیار کم است. یکی از مشکلات سیستم بایگانی دستی اسناد، نحوه کنترل دسترسی به آنهاست که محدود به ساختار فیزیکی بایگانی است. محدود کردن سطح دسترسی کاربران به اطلاعات از ویژگیهای دیگر سیستم بایگانی سپانو می باشد. با بکارگیری سیستم بایگانی سپانو امکان تنظیم دسترسی حتی تا جزئی ترین ساختارهای بایگانی امکان پذیر است. از دیگر موارد امنیت این سیستم می توان به لاگ کردن کلیه رویدادهای سیستم، از ورود کاربر گرفته تا تغییرات و حذف اسناد در سیستم توسط هر کاربر، اشاره نمود که این خود امکان کنترل و نظارت مستمر و غیر محسوس بر عملکرد کارکنان و توسعه شایسته سالاری را فراهم می سازد.